幕府支配の根本となったのは、将軍と御家人との主従関係である。頼朝は主人として御家人に対し、おもに地頭に任命することによって先祖伝来の所領の支配を保障したり、戦時には生命をかけて争い、平時には京都大番役や鎌倉番役などをつとめて、主従としての奉公にはげんだ。
こうして平安時代後期以来、各地に開発領主として勢力を拡大してきた武士団、とくに東国武士団は御家人として幕府のもとに組織され、地頭に任命されて、強力に所領を支配することを将軍から保障された。
東国は実質上幕府の支配地域であり、行政権や裁判権を幕府にかぎり、その他の地方でも国司の支配下にある国衙の任務は守護をつうじて幕府に吸収されていった。
このように土地の給与をつうじて、主人と従者がご恩と奉公の関係によって結ばれる制度が封建制度である。
鎌倉幕府は封建制度にもとづいて成立した税所の政権であり、守護・地頭の設置によって、はじめて日本の封建制度が国家的制度として成立した。
しかし、この時代には、京都の朝廷や貴族・大寺社を中心とする荘園領主の力がまだ強く残っており、政治の面でも経済の面でも、二元的な支配が特徴的であった。
朝廷は国司を任命して全国の一般行政を統轄し、貴族・大寺社は国司や荘園領主として、土地からの収益の多くをにぎっており、そのもとには幕府に属さぬ武士たちもいた。
将軍である頼朝自身も多くの知行国や平氏の旧領をふくむ大量の荘園を所有しており、これが幕府の経済基盤となっていた。
また御家人の領地の安堵や給与も、土地自体の安堵や給与ではなく、荘園制度にもとづく地頭職という一種の荘官職への任命の形式をとっていた。
そのかぎりで幕府も荘園・公領の経済体制のうえにたっていたと考えられる。
幕府と朝廷の関係なども、新制とよばれる朝廷の法令や宣旨で定められて、朝廷と幕府とは支配者としての共通面を持っていた。
幕府は守護・地頭をつうじて全国の治安の維持にあたり、また年貢を納入しない地頭を罰するなど、一面では、朝廷の支配や荘園・公領の維持をたすけた。
しかし、他面、幕府は東国はもちろん、他の地方でも支配の実権をにぎろうとしたために、守護・地頭と国司・荘園領主とのあいだでしだいに紛争が多くなっていった。
やがて各地で荘官などが地頭へかわっていき、幕府による現地支配力が強まると、対立も深まっていった。
